Los Viajes Johto

Ash Ketchum inicia su viaje en la Región de Johto, encontrándose a un Pokémon Legendario, Suicune, de la misma forma con la que vio a Ho-Oh al iniciar su viaje en la primera temporada. Captura a un Heracross y un Chikorita (que tiene la particularidad de ser muy cariñosa con Ash y de tenerle celos a Pikachu), además conoce a una niña llamada Cassie, fanática de un equipo de béisbol profesional, los Electabuzz. El objetivo de Ash en esta temporada es ganar en la Liga Johto y tiene su primer combate en Ciudad Violeta/Malva, donde se enfrenta al primer líder de gimnasio, Falkner/Pegaso. Al vencerlo con Charizard, Ash obtiene la Medalla Zafiro/Céfiro, su primera medalla en Johto.

Más tarde, Ash le dice adiós a Charizard, quien se queda en el Valle Charizífico con su especie, llamándolo siempre que lo necesite. Tras esto, Ash captura un Cyndaquil y llegan al Pueblo Azalea, donde encuentran a Kurt/César, un experto en pokébolas/pokeballs, a quien dejan la bola GS. Brock captura un Pineco con una Bola Rápida/Rapid Ball. En Pueblo Azalea, Ash se enfrenta al segundo líder de gimnasio, Bugsy/Antón. Tras una dura batalla, Ash vence y gana la Medalla Colmena con la ayuda de Cyndaquil. En esta temporada veremos una despedida y una nueva inclusión dentro del Equipo Rocket, Jessie cambia accidentalmente su Lickitung con un Wobbuffet. Ash deja a su Heracross con el profesor Oak.

El Escuadrón Squirtle, del cual provenía el Squirtle de Ash, reaparece, haciendo que Squirtle se reintegre a su Escuadrón y deje a Ash, llamándolo siempre que lo necesite. Más tarde Ash captura un Totodile y el Poliwag de Misty evoluciona a Poliwhirl. Tras esto, Ash captura un Noctowl de distinto color (a diferencia del Noctowl normal, que tiene un color oscuro). Tras esto, Ash llega a Ciudad Caña Dorada/Trigal, para combatir contra el tercer líder de gimnasio.