Lucarion y el Misterio de Mew

Ash llega al Palacio Cameron donde se celebra un festival en honor a Sir Aaron (Aaron Sama Japanese Version), un antiguo héroe quien evitó una guerra que estuvo por comenzar fuera del Árbol del Comienzo. En el festival, Ash compite en un torneo en el Palacio Cameron y gana, llegando a ser el "Guardián del Aura" ("Hadou" versiòn japonesa) de ese año. Como parte de la celebración, a Ash se le conceden las cosas de Aaron, las cuales contiene además a su Pokémon compañero, Lucario, al cual Aaron había sellado antes de detener la guerra.

Sin embargo, Pikachu (y Meowth) es llevado por Mew al "Árbol del Comienzo" o del "Gènesis" cuando una aventurera llamada Kidd intenta poner una pista en el legendario Pokémon usando sus Weavile. Durante la fiesta el báculo de Sir Aaron comienza a brillar y de él sale Lucario que cree que todavía el reino está en guerra pero la reina le hace entrar en razón de lo que pasó, Lucario dijo le dijo a Ash que lo confundió con Sir Aaron porque tienen la misma aura. Mew nunca devuelve lo que se lleva así que Ash debe ir a buscarlo, el equipo Rocket obviamente les sigue para robar a los Pokémon. Naturalmente Ash, con la ayuda de Lucario y su poder de percibir el aura, sigue a Mew al Árbol del Origen para rescatar a Pikachu. Pero hay un problema. Luego de haber sido sellado, Lucario ha perdido completamente su confianza por los humanos y cree que Sir Aaron abandonó el reino y no es un héroe, y esto también lo creen los otros por una flor del tiempo. Luego que Ash se gana la confianza de Lucario entran al árbol pero son atacados por Regirock, Regice y Registeel, los guardianes del árbol que ven en ellos potenciales amenazas.

Entran al árbol y son atacados por el sistema de defensa del árbol, un mecanismo hecho de un tipo de células blancas, debido a Kidd. Estas células son capaces de transformarlos en fósiles Pokémon como Aerodactyl y luego absorben la amenaza. Cuando Ash y su grupo son absorbidos al árbol (pero antes sueltan a sus Pokémon para que no mueran como ellos excepto Jessie), Mew les salva al razonar con el sistema de defensa del árbol, pero se debilita increíblemente en el proceso. Para salvar a Mew y al árbol, Lucario y Ash combinan su Aura para revertir la autodestrucción del árbol.

Lucario empuja a Ash antes de completar el proceso y así Ash no acabe renunciando a su alma para la obtención del Aura. Después, una "flor del tiempo" muestra un recuerdo de Aaron sacrificándose para detener la guerra. Antes que Aaron muriera (en el recuerdo), dice como Lucario fue su amigo más cercano y que le extrañará, y luego muere, dejando en claro que la razón por la que Aaron selló a Lucario fue para asegurarse que no muera con él. Lamentablemente, esto significa que Lucario muere y se va con Aaron a otro plano de la existencia, sus últimas palabras son "Tu también eres mi mejor amigo". El dramático final concluye la historia con todos los personajes aprendiendo importantes lecciones de confianza, sacrificio y amor.

Aunque (de acuerdo a la película) Lucario se sacrifica para salvar al Árbol del Comienzo, sí él realemnte murió se desconoce, debido a que al final de los créditos, él y Sir Aaron aparecen juntos comiendo una barra de chocolate. Sin embargo, esto podría estar explicado como que están disfrutando de su otra vida, o que no murieron en realidad.