En ella, nuestros amigos viajan a Altomare, una ciudad-acuática, el igual de Venecia. Allí conocen a Latios y su hermana Latias, quien se hace amiga del protagonista de la serie, Ash. Latios desconfía de los humanos pero Latias se junta con ellos camuflándose.

Al final, durante un gran maremoto, Latios se sacrifica para salvar Altomare, siendo el primer Pokémon que muere en el Anime Pokémon.

En los créditos se ve a dos Latios volando hacia Altomare, lo que hace pensar a los espectadores en que son la reencarnación del Latios que murió en la película. Aunque en la realidad es el Latios que murió en el anime, con el padre, que son la reencarnación.